Ich habe mir jetzt noch einmal das BMF-Schreiben dazu angesehen. Dort heißt es:
Für die Prüfung der Baukostenobergrenze müssen die gesamten Anschaffungs- oder Herstellungskosten auf die gesamte Fläche, für die diese Kosten aufgewendet wurden, verteilt werden. Die dabei zugrunde zulegende Fläche ist bei der Anschaffung oder Herstellung eines neuen Gebäudes die Nutzfläche des gesamten Gebäudes, bei Aufstockungen, Aus-, Um-, An- oder Aufbauten die durch die Baumaßnahme insgesamt neu geschaffene Nutzfläche und bei der Anschaffung oder Herstellung einer Eigentumswohnung die den Eigentumsrechten ent- sprechende Nutzfläche des erworbenen Anteils.
Die Nutzfläche wird in sinngemäßer Anwendung der Verordnung zur Berechnung der Wohnfläche (Wohnflächenverordnung - WoFlV) vom 25. November 2003 (BGBl I S. 2346) in der jeweils geltenden Fassung ermittelt (vgl. R 4.2 Absatz 6 Satz 4 EStR). Bei der Ermittlung der Nutzfläche sind - in Abweichung zu § 2 Absatz 3 WoFlV - auch Nebenräume, wie Boden- räume, Waschküchen, Kellerräume, Trockenräume, Speicherräume, Bade- und Brauseräume, Fahrrad- und Kinderwagenräume usw., soweit sie zur Benutzung durch den einzelnen oder zur gemeinsamen Benutzung durch alle Hausbewohner bestimmt sind, und die zur begünstigten Wohnung gehörenden Garagen (vgl. Definition der Wohnung unter 4. Förderobjekt) ein- zubeziehen.
Daher wäre, wie Sie auch vermutet haben, die Nutzfläche anzusetzen.